社会保険に二か所同時に加入している場合の運用は可能でしょうか。

請求締グループを活用することで得意先単位での絞り込みが可能です。
ただし、法人（部門）単位での制御は現在対応しておりません。
部門単位での制御機能は今後の修正予定に含まれていますが、同時加入への対応については、手計算またはスタッフマスタの給与計算都度の変更で対応いただく形になります。